del II
organisation som heter Akatsuki, varav Itachi är en medlem, börjar kidnappa värdarna i de nio kraftfulla ensidiga bestar, inklusive nio-stjärtar förseglade inne i Naruto, för att extrahera dem. Flera ninjor från Konoha, inklusive Team 7, kampen mot Akatsuki medlemmar och söka efter sin lagkamrat Sasuke. Akatsuki är framgångsrik i att fånga sju av dessa varelser vars värdar dödas i processen, med undantag för Gaara, värd för One-Tail, vars liv sparas av Naruto och hans kamrater. Under tiden Sasuke förråder Orochimaru och ansikten Itachi att hämnas. Efter Itachi dör i strid, lär Sasuke från Akatsuki grundare Naruto Costumes Tobi att Itachi beställdes av Konoha överordnade för att förstöra hans klan att förhindra en statskupp. Han accepterade med villkoret att Sasuke skonas. Bedrövad denna uppenbarelse, Sasuke samarbetar med Akatsuki att döda Konoha överordnade som iscensatt Uchihas "eliminering och förstöra Konoha till exakt hämnd. Samtidigt som flera Akatsuki medlemmar besegras av Konoha ninjor deras figure ledare, Nagato, dödar Jiraiya och ödelägger Konoha. Men besegrar Naruto och löser honom, tjänar byns resulterande respekt och beundran.
Med Nagato s eventuella död, Tobi, medan förklädd till en av Konoha grundare Madara Uchiha, tillkännager att han vill få alla nio av de tailed djur för att utföra en illusion tillräckligt kraftfull för att styra hela mänskligheten, förmodligen i ett försök att skapa fred i världen . Ledarna för de fem ninja byar vägrar att hjälpa Naruto Costumes honom och i stället gå samman för att konfrontera Tobi och hans allierade. Detta resulterar i en fjärde stor ninja krig mellan de enhetliga arméer av de fem stora länderna (gemensamt benämnda de allierade Shinobi styrkorna) och Akatsuki styrkor av zombie-liknande ninjas. Naruto, och Killer Bee, värd för de åtta-stjärtar, chef för slagfältet vägrar att luta sig tillbaka enligt anvisningarna. Under konflikten, är det visat att Tobi är faktiskt Obito Uchiha, Kakashi förre lagkamrat som var tänkt att vara död. Han räddades av den verkliga Madara och har arbetat med honom sedan dess. Som Sasuke lär historien om Konoha, däribland de omständigheter som ledde till hans klan undergång, bestämmer han sig för att skydda byn och återförenas Naruto och Sakura att stoppa Madara och Obito planer, som frigöra Ten-svansar. Men slutar Madara kropp upp besatt av Kaguya Ōtsutsuki, en gammal prinsessa som har för avsikt att Naruto Costumes dämpa hela mänskligheten. En reformerad Obito offrar sig för att hjälpa Team 7 stoppa henne. När Kaguya är förseglad, dör Madara också, men Sasuke drar fördel av situationen och tar kontroll över alla ensidiga Beasts att förverkliga sin verkliga målet att avsluta den nuvarande byn systemet. Naruto konfronterar Sasuke att avråda honom, och efter att de nästan döda varandra i en slutstrid, Sasuke medger nederlag och reformer. Efter kriget, är Kakashi valt att bli sjätte Hokage och benådningar Sasuke av sina brott. År senare, Kakashi avgår medan Naruto gifter Hinata Hyuga och blir sjunde Hokage, höja nästa generation.
